MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 plasmid pRMB

Total Repeats: 93

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016939	AAT	2	6	291	296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016939	A	6	6	309	314	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016939	ATT	2	6	317	322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016939	AT	4	8	343	350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016939	ATGT	2	8	387	394	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016939	TA	3	6	396	401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016939	A	6	6	417	422	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016939	AT	4	8	1323	1330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016939	CTTAA	2	10	1341	1350	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016939	TTA	2	6	1360	1365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016939	TAC	2	6	1403	1408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_016939	GTA	2	6	1449	1454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016939	ATGT	2	8	1487	1494	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016939	ACTA	2	8	2024	2031	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016939	ATGT	2	8	2143	2150	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016939	AAT	2	6	2157	2162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016939	CAT	2	6	2266	2271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_016939	A	7	7	2272	2278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016939	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016939	ACT	2	6	2442	2447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016939	A	6	6	2514	2519	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016939	AGA	2	6	2582	2587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016939	CCA	2	6	2592	2597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_016939	TTAAA	2	10	2613	2622	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016939	TAAT	2	8	2638	2645	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016939	TTA	2	6	2675	2680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016939	TAC	2	6	2707	2712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016939	TA	3	6	2714	2719	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016939	TG	3	6	2748	2753	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016939	A	6	6	2794	2799	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016939	ATG	2	6	2806	2811	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016939	T	6	6	2861	2866	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016939	AG	3	6	2876	2881	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016939	ATA	2	6	4640	4645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016939	TA	3	6	4654	4659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016939	C	6	6	4788	4793	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
37	NC_016939	TAA	2	6	4805	4810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016939	AG	3	6	4816	4821	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016939	GCC	2	6	4826	4831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_016939	TTA	2	6	4854	4859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016939	TAT	2	6	4911	4916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016939	AAAT	2	8	4918	4925	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016939	TA	3	6	5258	5263	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016939	CCAA	2	8	5286	5293	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_016939	ATC	2	6	5406	5411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_016939	GTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016939	T	6	6	5539	5544	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016939	CT	3	6	5555	5560	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_016939	A	6	6	5607	5612	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016939	GGTA	2	8	5657	5664	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016939	ATA	2	6	5675	5680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016939	ACA	2	6	5773	5778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016939	GTG	2	6	5804	5809	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016939	AGC	2	6	5818	5823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016939	AT	3	6	5879	5884	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016939	ATA	2	6	5902	5907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016939	TTC	2	6	7116	7121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_016939	T	6	6	7134	7139	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016939	AT	3	6	7226	7231	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016939	TA	3	6	7851	7856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016939	TTAA	2	8	7865	7872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016939	TAA	2	6	7916	7921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016939	ACA	2	6	7943	7948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016939	ATTATC	2	12	7985	7996	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016939	TA	3	6	8184	8189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016939	GAA	2	6	8195	8200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016939	TA	3	6	8212	8217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016939	AT	3	6	8261	8266	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016939	ATAA	2	8	8325	8332	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016939	AGAATA	2	12	8340	8351	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016939	TAAA	2	8	8352	8359	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016939	AGT	2	6	8675	8680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016939	ATC	2	6	8682	8687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_016939	TA	3	6	8688	8693	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016939	TTAA	2	8	8745	8752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016939	CA	3	6	8797	8802	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016939	ATA	2	6	8809	8814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016939	TTA	2	6	8827	8832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016939	ACT	2	6	8854	8859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_016939	CCT	2	6	8885	8890	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_016939	TTG	2	6	8900	8905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016939	A	6	6	8909	8914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016939	GA	3	6	9047	9052	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016939	ATG	2	6	12332	12337	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016939	CT	3	6	12348	12353	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016939	ACT	2	6	12378	12383	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016939	T	6	6	12452	12457	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016939	TTA	2	6	12459	12464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016939	CTT	2	6	12477	12482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016939	T	7	7	12488	12494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016939	GGA	2	6	12497	12502	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016939	ACTT	2	8	12537	12544	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_016939	T	6	6	12554	12559	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.